Cerita ini memberi tumpuan kepada Kenichi Shirahama, pelajar sekolah menengah 15 tahun dan mangsa sentiasa dibuli . Pada permulaan cerita, dia berteman dengan pelajar pemindahan Miu Fūrinji; dan ingin menjadi lebih kuat, dia mengikutinya untuk Ryōzanpaku, dojo yang merumahkan beberapa tuan seni mempertahankan diri yang pelbagai, yang diketuai oleh datuknya Hayato Fūrinji. Setelah mempelajari asas-asas dari Miu, Kenichi mengalahkan seorang anggota peringkat tinggi dari kelab karate sekolah, dan menjadi sasaran semua delinkuen di sekolah. Semasa latihan awal untuk melindungi dirinya, Kenichi akhirnya menjadi pengikut penuh Ryōzanpaku, dan menjadi terpikat oleh Miu. Selepas itu, rutin harian Kenichi dibahagikan antara latihan di bawah enam tuan Ryōzanpaku, dan pergaduhannya terhadap ahli-ahli 'Ragnarok', sekumpulan pengganggu cuba bergilir-gilir untuk merekrut atau mengalahkannya. Selepas Ragnarok dibubarkan, Kenichi dan Miu disasarkan oleh Yomi, sekumpulan murid secara peribadi dilatih oleh tuan organisasi yang bersaing dengan Ryōzanpaku, Yami. Walaupun tuan-tuan Ryōzanpaku dan sekutu mereka mengikuti prinsip untuk sentiasa membiarkan kehidupan lawan mereka (Katsujin-ken), ahli Yami percaya bahawa apa-apa cara mengalahkan lawan adalah sah, termasuk pembunuhan (Satsujin-ken). Dalam perjuangan antara kedua puak tersebut, Kenichi, Miu, dan sekutu mereka melawan ahli-ahli Yomi, manakala tuannya berhadapan dengan anggota Yami. Konflik antara kedua-dua puak ini berpunca dengan pertempuran akhir untuk menghentikan objektif utama Yami, yang bertujuan untuk membawa era baru kekacauan dan peperangan di dunia, yang juga dikenali sebagai "The Eternal Sunset". Apabila The Eternal Sunset dihalang dan pemimpin utama mereka dikalahkan, Yami dan Yomi dibubarkan juga. Kenichi kemudian berlatih di Ryōzanpaku, dan bertahun-tahun kemudian ia menjadi seorang novelis terkenal, tetapi ia membayangkan bahawa ia juga menjadi suami Miu dan tuan seni mempertahankan diri lebih kuat daripada datuknya, Elder, yang selalu bersumpah dia hanya akan membenarkan Miu berkahwin dengan seseorang yang mampu mengalahkannya terlebih dahulu.